The Super Mario Bros. Movie xoay quanh cuộc phiêu lưu ở thế giới Vương quốc Nấm của anh em thợ sửa ống nước Mario và Luigi. Sau khi tình cờ bước tới vùng đất lạ từ một ống nước, Luigi đã bị chia tách với Mario và rơi vào tay quái vật rùa xấu xa Bowse...