Được cứu thoát khỏi thân thể Unit-01, cuối cùng Ikari Shinji đã tỉnh dậy nhưng không hề hay biết chuyện gì đã xảy ra đối với mình và với cả thế giới sau Chấn Động Thứ Ba. Mọi thứ trở nên xa lạ với cậu và những người cậu từng thân quen đã đổi khác và ...