Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khă...