MEGAN 2.0 lấy bối cảnh 2 năm sau các sự kiện ở phần 1. Lúc này, Gemma phát hiện công nghệ sản xuất MEGAN đã bị đánh cắp. Kẻ gian đã tạo ra một robot AI khác với chức năng tương tự MEGAN, nhưng được trang bị sức mạnh chiến đấu "khủng" hơn ma...