Batman Ninja xoay quanh chuyến du hành vượt thời gian do cỗ máy dịch chuyển thời gian của Gorilla Grodd đã chuyển những kẻ đối địch với Batman đến Nhật Bản thời phong kiến. Kể cả Batman và đồng minh của anh cũng đã bị đưa đến nơi này. Dưới hình dáng ...